سه سال از انقلاب اسلامی نگذشته بود که «محمدعلی ابطحی» مدیر رادیو شد. وی تا سال ۶۵ در این کسوت ماند و پس از آن با ورود به دولت معاونت بین الملل وزیر وقت ارشاد را پذیرفت.
یک سال به پایان دولت نخست هاشمی رفسنجانی باقی مانده بود که محمد خاتمی وزیر وقت ارشاد هوای استعفا به سرش زد. «علی لاریجانی» که آمد، ابطحی ناگزیر جمع ارشادی ها را ترک گفت و به صداوسیما بازگشت و به مدت یک سال مشاور «محمد هاشمی» شد.
ابطحی سال ۷۳ همزمان با کوچ علی لاریجانی از ارشاد به صداوسیما، نماینده رادیو و تلویزیون ایران در لبنان شد. وی تا خرداد سال ۷۶ همزمان با پیروزی چپ ها در انتخابات ریاست جمهوری در این سمت باقی ماند.
صبح روز دوم خرداد ۷۶ در شرایطی که شانس زیادی برای پیروزی خاتمی قائل نبود، همراه وی به حوزه رای گیری در خیابان پاسداران رفت. خاتمی قبل از رای دادن، خطاب به ابطحی گفت: «چه قدر خوب می شود با ناطق به دور دوم برویم.» ابطحی عصر روز دوم خرداد ۷۶ جلای وطن کرد و به لبنان بازگشت.
اصلاحاتی‌ها که پیروز انتخابات هفتاد و شش شدند، فصل جدیدی در زندگی سیاسی ابطحی گشوده شد. ریاست دفتر رئیس جمهور اولین پست ابطحی در عصر جدید سیاست ایران بود. پُستی که حُکمش به نام «احمد مسجد جامعی» خورده بود اما به دلیل نگاه مردد اصلاح‌طلبان به وی، فرصت برای عرض اندام ابطحی فراهم شد.
ابطحی در سال ۸۰ جایش را به «علی خاتمی» داد و خودش همزمان با آغاز دولت دوم خاتمی، ردای معاونت پارلمانی و حقوقی رئیس جمهور را بر تن کرد.
وی در اسفند سال ۸۱ در مقام رئیس حل اختلاف مرکزی، پس از سلسله درگیری‌ها و اختلافات پایان ناپذیر میان شورای شهر و شهرداری تهران، رای به انحلال شورای شهر اول پایتخت را داد. شورایی که هر ۱۵ نفر آن متعلق به جبهه اصلاحات بودند. ابطحی بعدها درباره علت آن انحلال گفت: «رفتار ناصحیح اصلاح‌طلبان در شورای شهر، بیشترین تاثیر را در انحلال داشت.»
ابطحی در دی‌ماه سال ۸۲ به دعوت متحصنین مجلس ششم، در مجلس حضور پیدا کرد و در پاسخ به سوال خبرنگاران که از وی پرسیدند انتهای این تحصن چه می شود گفت: «هیچی نمی‌شود.»
وی در اوج تحصن نمایندگان و بدون اطلاع رئیس‌جمهور، همراه با ۱۱ نفر دیگر از اعضای هیئت دولت نامه تهدیدآمیزی در حمایت از متحصنین نوشت. نامه‌ای که مورد غضب «مهدی کروبی» رئیس وقت مجلس واقع شد. ابطحی امروز معتقد است که «تحصن مجلس ششم کار اشتباهی بود.»
وقتی مجلس هفتم یکدست در اختیار نیروهای اصولگرا قرار گرفت، ابطحی نتوانست خود را با فضای جدید پارلمان وفق دهد و برای تعامل بهتر دو قوه مجریه و مقننه، استعفا و جایش را به «مجید انصاری» داد. ابطحی یک سال پایانی دولت اصلاحات را در مقام مشاور رئیس‌جمهور بود.
موعد انتخابات ۸۸ که رسید، ابطحی برخلاف خاتمی، به اردوگاه حامیان مهدی کروبی پیوست اما پس از ۲۲ خرداد همنوا با دیگران، ساز ناموزون تقلب در انتخابات را کوک کرد. ابطحی کمتر از ۲ ماه پس از برگزاری انتخابات ریاست جمهوری دهم، در دادگاه انقلاب، اینگونه ادعایش پیرامون وقوع تقلب را رد کرد؛ «تقلب یک حرف دروغ در ایران بود؛ تقلب حرفی بود که پشت آن راهپیمایی های بی هدف و زنجیره ای به راه افتاد تا با ایجاد آشوب در کشور، ایران را به عراق و افغانستان تبدیل کند.»
ابطحی هم اکنون رئیس موسسه خصوصی «گفتگوی ادیان» و عضو مجمع روحانیون مبارز است. وی در گفتگوی بلندی که با خبرگزاری مهر داشته به موضوعات متنوعی اشاره کرده که به یکی از آن‌ها اشاره می‌شود:
وی در پاسخ به این پرسش که اندکی هم به تخریب‌های جریانات منتسب به اصلاحات نسبت به مرحوم هاشمی بپردازیم. ریشه آن تخریب‌ها در چه بود؟ می‌گوید: من درباره آقای هاشمی زیاد صحبت کردم و پس از فوت ایشان هم درست نمی بینم که بخواهم دوباره صحبت کنم.
وی همچنین در پاسخ به پرسش دیگر مبنی بر اینکه آیا شما آن تخریب ها علیه هاشمی را درست می‌دانستید؟ می‌گوید: چون من درست می‌دانستم، اگر الان بخواهم از آن نظرات دفاع کنم، خوب نیست. ترجیح می‌دهم صحبت نکنم.
وی همچنین در پاسخ به پرسش دیگر که اگر بخواهیم قرابت اصلاح‌طلبان با مرحوم هاشمی پس از سال ۸۸ را بررسی کنیم - با توجه تخریب‌های دهه هفتاد- این سوال به وجود می‌آید که آیا هاشمی تغییر کرد یا اصلاح طلبان؟ هم می‌گوید: تغییر فضای جامعه باعث شد که در مجموع مشترکات آن دو جریان(جریان هاشمی و جریان اصلاحات) با هم زیاد شود. آن بگیر و ببندها در سال ۸۸ هم هاشمی و هم اصلاح طلبان را منتقد کرد.